I ett nystartat akvarium är främsta källan för ammonium utsöndringen via fiskarnas gälar eftersom den andra processen - bakteriell amoniumfiering tar längre tid att utvecklas. I ett ingånget akvarium kan ibland nedbrytningen vara den främsta källan för ammonium. Detta ammonium som är en ganska "energirik" molekyl används sen som energikälla för en speciell sort av bakterier som liksom växter och alger kan skapa liv av "livlösa" ting. Dessa organismer kallas med ett fint ord för autotrofer medans vi och alla andra djur samt de flesta bakterier kallas heterotrofa och måste skaffa vår energi från material som varit levande. Växter och alger samt - vet man nu en ganska så stor grupp bakterier förutom cyanobakterier skaffar sin energi från solljuset i en process som kallas fotosyntes.
Byt aldrig allt vatten i akvariet då fiskarna är mycket känsliga för den sortens förändring. Dessutom riskerar du att städa bort alla de bra nitrobakterierna på samma gång, och då är risken för nitritförgiftning överhängande. Små byten som görs ofta är det mest effektiva sättet att hålla dina fiskar glada. Ett mycket smutsigt akvarium bör göras rent lika stegvis som det smutsades ner, dvs lite i taget. Fiskar som redan bor i ett smutsigt akvarium kan gradvis och till viss del anpassa sig till att leva i nitratrikt vatten, men nyinköpta exemplar som inte har genomgått denna gradvisa stegring av nitratvärdena dör oftast väldigt fort. En annan anledning till att hålla rent i sitt akvarium är att vid pH värden under 6,8 finns bara låggiftigt ammonium, men om pH-värdet stiger över 7,0 omvandlas ammonium till det betydligt giftigare ammoniak! Ju högre pH, desto mera ammoniak bildas.